إنّ قرية خيبر القديمة مؤلفة من أطلال وحطام مباني قديمة مهجورة، حيث أنّ قاعدة هذه المباني مصنوعة من الحجار ما يُرجح كونها أكثر قدماً، أما الجزء الأعلى من هذه المباني مصنوع من طوبٍ طيني، كما أنّ المنازل والجوامع والمحلات والقصور التي كانت مسكونة حتى السبعينيات مازالت موجودة حتى يومنا هذا.

أما المنطقة المزروعة فموجودة في أسفل الواحة ومحاطة بعدة قمم صخرية كانت تُبنى عليها حصونٌ وقرى، حيث أنّ رؤية كامل الواحة ممكن وسهل من هذه القمم الصخرية الطبيعية، وخاصةً عبر القمة الموجودة في منتصف الواحة، لذا تم بناء حصن خيبر الرئيسي فوق هذه القمة بالذات.